古代ポケモン(カイオーガ/グラードン/レックウザ)に関するイベントが追加され、3匹ともゲットできるようになりました。
ラティオス/ラティアスの出現をクリア後選べるようになった。
新キャラクター「エニシダ」が登場。さらに巨大施設バトルフロンティアが出来、クリア後も長く楽しめる。
エメラルドではクリスタル版の時のようにポケモンが動くようになりました。さらにクリスタル版とは違い、後姿も動きます。設定の戦闘エフェクトを「みない」にしておくとアニメーションをスキップさせることができます。
公式サイトでそれぞれ画像が見れます。
エメラルドでは育て屋に預ける♀のポケモン(メタモン含む)に「かわらずのいし」を持たせておくと、産まれてきたポケモンは高確率でその親ポケモンの性格と同じになります。
ルビー・サファイアではダイゴがチャンピオンでしたが、エメラルドでは「ミクリ」に変わりました。それに伴いルネシティジムのジムリーダーが「アダン」に変わっています。
りゅうせいのたき最深部にダイゴが居る。話しかけるとポケモンバトルすることができる。金・銀・クリスタルの時のレッドの様な裏ボス的イベント。
ホウエン図鑑(No.001〜200)を完成させ、オダマキ博士に会うと3匹のうち1匹がもらえる。レベルは5。
電話機能のようなもので、今までに出会ったトレーナー達と会話が出来る。相手から連絡が入り再戦を申し込んできたり、情報を教えてくれたりもする。さらに、ジムリーダーを登録することが可能で夢のジムリーダーとの再戦ができるようになった。もちろん再戦するたびに相手のレベルも上がっていき、手持ちポケモンも変わったりする。