トレーナー戦が多いので回復薬などを買いそろえておこう。
アクアだんが占拠しているのでバトルしつつ2階へ上がり、幹部のイズミを倒すと天気ポケモンの「ポワルン」がもらえる。
橋を渡るとライバルが登場。バトルに勝つと「ひでんマシン02」(そらをとぶ) が手に入る。さらにエニシダが登場する。
ジム前の通路に「みえないなにか」がいて通れないのでジム戦は後回しにして120ばんどうろへ進む。
橋の途中にダイゴがいるので話かけ、カクレオンLv.30とバトル。バトル後ダイゴから「デボンスコープ」がもらえる。ヒワマキシティへ戻る。
ヒワマキジムでジム戦。ナギに勝つと「わざマシン40」(つばめがえし) がもらえる。
ミナモデパート前でライバルとバトル。
120ばんどうろのサファリゾーン下からなみのりでおくりびやまへ。
山頂でアクア団とバトル。バトル後おばあさんから「マグマのしるし」を預かる。
デコボコさんどうからマグマ団アジトへ行ける。
デコボコさんどうに着くと「マグマのしるし」が反応してアジトへの扉が開く。内部では「かいりき」が無いと進めません。ゴールドスプレー、回復薬を持って行っておくと楽に進めます。
マグマ団リーダーのマツブサを倒すと、グラードンが目覚めるがどこかへ行ってしまう。カイナシティへ向かおう。
船乗り場の前でクスノキが取材を受けている。取材が終わるとアクア団が現われ、潜水艇が奪われてしまう。ミナモシティのアクア団アジトへ行く。
アクア団幹部のウシオを倒しトクサネシティへと向かう。マスターボールはここでしか手に入らないのでしっかり回収しておく。
アクアだんとホエルコがいなくなっていて先に進める。
トクサネジムでジム戦。フウとランに勝つと「わざマシン04」(めいそう) がもらえる。
マグマ団とのバトル。マグマ団幹部のホムラとリーダーのマツブサとのバトルでは、あの人とタッグを組んでのダブルバトル。
あの人からお礼として「わざマシン08」(ダイビング) がもらえる。
ダイビングを使って海底を通って行くとトレーナー達とバトルをせずに進む事が出来ます。
ダイビングで海底に潜り、「かいていどうくつ」へ入る。
アクア団のリーダーアオギリを倒すとカイオーガが目覚めるが、グラードンと同じくどこかへ行ってしまう。
ダイビングを使って水中からルネシティへ入る。
グラードンとカイオーガが戦っている。ダイゴに話しかけると「めざめのほこら」へ連れて行かれる。
最深部にミクリがいる。話を聞いたら「そらのはしら」へ向かう。
ルネシティ→126ばんすいどう→127ばんすいどう→128ばんすいどう→129ばんすいどう→130ばんすいどう→131ばんすいどうの順で進み、131ばんすいどうの上の方にあるのが「そらのはしら」です。このとき少し行き過ぎて、先にキナギタウンへ行っておき、いつでもそらをとぶで来れるようにしておくと良い。マッハ自転車が必要なのでダート自転車に乗っている場合はキンセツシティまで戻って交換しておきましょう。
頂上でレックウザが目覚め、ルネシティへと飛んでいく。
イベント終了後、ミクリから「ひでんマシン07」(たきのぼり) がもらえる。
ルネジムでジム戦。アダンに勝つと「わざマシン03」(みずのはどう) がもらえる。
おくりびやまの頂上に行くとアオギリとマツブサのイベントを見ることが出来る。(任意) 先へ進む場合はサイユウシティへ。(サイユウシティへ行くにはたきのぼりが必要)
フラッシュ・いわくだき・かいりき・なみのりが必要。
ポケモンセンターにエニシダがいる。
ミツルが登場しポケモンバトルに。(ルビーサファイアの時とは違い、入り口付近で出現するので注意。)
ポケモンリーグ四天王戦。なんでもなおし・かいふくのくすり・すごいキズぐすり・げんきのかけら・わざマシン等、装備を整え挑みましょう。制覇するとエンディングです。